STEC Center BannerLink to STEC HomepageLink to NFSTC Homepage
About STEC Center
  • Advisory Committee
  • Investigators and Strains
  • Clonal Analysis of STEC
  • Contact us
  • Databases
  • Isolate Database
  • EcMLST System
  • Literature Database
  • Tools
  • Obtain Strains
  • Reference Strain Sets
  • Molecular Protocols
  • Computer Programs
  • Server Statistics (Internal)
  • About the website
  • Accessibility
  • Privacy notice
  • Disclaimer
  • Sponsor
  • SNP reference set - O157:H7 and relatives

    Clicking on an Isolate name will bring up other alternate strain designations.

    SNP number Accession number Isolate O H Clade SNP type stx profile Part of original SNP reference set Notes
     1  TW08264  Sakai  157  7  1  1  stx12  yes  
     2  TW10022  H2014  157  7  1  2  stx12  yes  
     3  TW04863  93-111  157  7  2  9  stx12  yes  
     4  TW08616  EK8  157  7  2  4  stx12  yes  
     5  TW10012  F6854  157  7  2  7  stx12  yes  
     6  TW02302  EDL-933  157  7  3  12  stx12  yes  
     7  TW07957  DA-31  157  [7]  3  14  stx12  yes  
     8  TW08613  EK5  157  7  3  13  stx12  yes  
     9  TW11015  M102-88  157  7  4  19  stx122c  no  
     10  TW11052  MI02-39  157  7  4  20  stx122c  no  
     11  TW01286  DEC4A  157  7  5    neg  no  
     12  TW10246  MI02-74  157  7  5  23  stx22c  no  
     13  TW07520  1541  157  7  6  25  stx1  yes  
     14  TW01663  87-1163  157  7  7  29  stx12c  yes  
     15  TW02883  E32511  157  [7]  8  31  stx22c  yes  
     16  TW07945  DA-19  157  [7]  8  33  stx2  yes  
     17  TW09098  MI03-35  157  7  8  32  stx2  yes  
     18  TW11032  MI02-55  157  7  8  30  stx2  yes  
     19  TW05356  G5101  157  7  9.1  35  stx12c  yes  
     20  TW06591  CB1009  157  -  9.2  36  neg  yes  
     21  TW05353  5905  55  7  9.3  39  stx2c  yes  
     22  TW03293  ECOR-37  -  -  9.4  37  neg  no  

    More data on this strain set.

    Contact stec@cvm.msu.edu
    Operated by Shannon D. Manning at Michigan State University